Se trata de un filme basado en un relato ubicado en el siglo XVIII, en plena
selva misionera junto a las cataratas de Iguazú, donde un jesuita, el padre
Gabriel (Jeremy Irons), sigue el ejemplo de un jesuita crucificado, sin más
armas que su fe y una flauta para convertir a los nativos del lugar a la fe
cristiana. Al ser aceptado por los indios guaraníes, Gabriel crea la misión de
San Carlos.
Entre sus seguidores está Rodrigo Mendoza (Robert De Niro), ex-traficante de esclavos, mercenario y asesino, que buscando el perdón se hace jesuita y encuentra la redención entre sus antiguas víctimas. Después de luchar juntos durante años, se enfrentan a causa de la independencia de los nativos: Gabriel confía en el poder de la oración; Rodrigo, en la fuerza de la espada.