Cristina Kirchner apeló ante el juez Claudio Bonadio su procesamiento por traición a la Patria, encubrimiento agravado y estorbo de un acto funcional, todo vinculado al pacto con Irán como supuesto beneficio para los acusados del atentado de la AMIA. Según la justicia, la ex Presidenta y sus funcionarios diseñaron un "plan criminal" para "dotar de impunidad" a los iraníes responsabilizados de la voladura de la mutual judía. Cristina también apeló la prisión preventiva y el embargo de 50 millones de pesos trabado. La defensa a cargo de Alejandro Rúa, que también representa a Héctor Timerman, apeló el procesamiento del ex canciller y el rechazó al pedido de excarcelación.
A pocos días de jurar como senadora nacional, el juez Bonadio procesó a Cristina Kirchner, al encontrarla responsable de los delitos de “traición a la Patria y encubrimiento agravado”. Para el juez, la actual senadora impartió las órdenes para beneficiar a los terroristas que causaron 85 muertos y más de 150 heridosen el peor ataque de la historia argentina. Por eso, la procesó en carácter coautora por dichos delitos, la embargó por 50 millones de pesos, solicitó su prisión preventiva y le pidió al Congreso que le quite los fueros para concretar la medida.
Cristina Kirchner -según el juez-, "impartía personalmente las instrucciones al resto de los imputados", sobre todo a Timerman, y encabezó la realización de un documento que en realidad "favorecía a los acusados iraníes en desmedro de la justicia, las víctimas y el castigo de los imputados y dejando de lado que a este Estado se le imputa haber perpetrado dos actos de guerra (1992 y 1994) en el territorio de la República Argentina".
Para Bonadio, se demostró "la responsabilidad penal de los funcionarios y ciudadanos argentinos” que "negociaron, participaron, acordaron y coadyuvaron a lograr los objetivos de Irán", no sólo a "lograr impunidad ante la justicia argentina", sino que nuestro país "no lo señale como un "Estado terrorista que promueve y financia organizaciones terroristas" cuando recaían sobre ellos "actos de guerra en el territorio nacional", contra ciudadanos argentinos "desarmados e inocentes, y que han sido declarados delitos de lesa humanidad". Con dicho planteo, sustentó el juez la acusación de "traición a la Patria".
Entonces apuntó a Cristina como máxima autoridad para este "plan de encubrimiento", que se valió además de una "diplomacia paralela" al punto tal que ni siquiera el jefe de Gabinete estaba al tanto de las negociaciones con Irán. Dicho argumento fue central para atribuirle a la actual senadora la intención de beneficiar a los acusados con lo que denominó un "plan delictivo".
Según la justicia, el "plan criminal" estuvo "destinado a brindar ayuda para dotar de impunidad a los acusados de nacionalidad iraní" imputados por el atentado a la sede local de la AMIA. Este "encubrimiento" que se concretó con la firma del Memorándum de Entendimiento, les permitió "eludir la investigación penal y sustraerse de la acción de la justicia argentina, en desmedro de los intereses de las víctimas y el real esclarecimiento del atentado".
