En diciembre del 2009, el Tribunal de Cuentas inició un sumario por el que puso bajo la lupa al Ministerio de Obras Públicas al constatar que una obra había sido adjudicada sin seguir el procedimiento que exige la ley para la contratación. La investigación se inició por la presentación extemporánea de la documentación correspondiente a la adjudicación de la obra para la construcción de dos pozos de agua para riego en el Centro Administrativo del Poder Ejecutivo.
La obra fue adjudicada en febrero de 2009, la empresa favorecida lo concluyó en los meses de mayo o junio de ese año, pero el expediente con el contrato que el Estado selló con la empresa recién llegó al Tribunal de Cuentas en diciembre.
Siguiendo la letra de lo que establece la ley de Obras Públicas, el procedimiento establece que cuando el Estado realiza algún tipo de contratación o una licitación debe girar al Tribunal de Cuentas la "resolución del decreto de adjudicación". Es decir, el instrumento que especifica cuál fue el procedimiento que eligió para concretar el emprendimiento y quién fue la empresa beneficiada por la adjudicación.
El Tribunal de Cuentas tiene la posibilidad de ordenar que se corrija el procedimiento si observa alguna irregularidad en la adjudicación. Sólo después de este acto se podría firmar el contrato con la empresa y comenzar la ejecución.
La investigación se inició en enero del 2010, cuando el organismo no estaba bajo la conducción Mardonio Díaz Martínez, sino a cargo del vocal del TC, Víctor Villarroel. Al llegar el expediente se ordenó una inspección ocular en el Centro Administrativo del Poder Ejecutivo y los técnicos del organismo advirtieron que la obra ya había sido concluida en un 90%, por lo que se ordenó la instrucción del sumario.
La instrucción del sumario al Ministerio de Obras Públicas, a cargo del amigo personal de Eduardo Brizuela del Moral, Juan Acuña, fue interpretado como una severa advertencia porque se descubrió la modalidad de enviar los expedientes cuando las empresas que fueron beneficiadas con la adjudicación tienen problemas para cobrar porque el expediente no cumple con todas las formalidades. Sin embargo, a más de un año de iniciado el sumario, hasta la fecha no se conoce definición alguna. Acuña, mientras, sigue en su cargo.