Tras el golpe de estado del 24 de marzo de 1976, Castillo asumió inicialmente con jefe comunal capitalino, mientras el coronel Carlos Lucena lo hacía como gobernador de la provincia, cargo en el que luego fue reemplazado por coronel Jorge Carlucci y más tarde por el comodoro Oscar María Bárcena.
Cuando la Junta Militar, en una táctica para perpetuarse en el poder recurrió a la cada vez más cercana colaboración de los civiles, volvió a convocar al dirigente radical Arnoldo Castillo designándolo gobernador, el 24 de marzo de 1961, cargo en el que fue puesto en funciones por su antecesor militar Bárcena, quien al asumir lo "elogió”, definiéndolo como "un hombre del proceso”, con que la "venimos trabajando codo a codo, desde un comienzo” de la dictadura. Conocido el trágico saldo de 30 mil desaparecidos, 30 de ellos catamarqueños, Castillo seguía diciendo que nuestra provincia "era una isla, donde no pasaba nada”.
Antes, Castillo ya había ostentando responsabilidades similares, como cuando fue designado intendente capitalino por el también anticonstitucional período del general Alejandro Agustín Lanusse, en 1971.
Sin embargo, en la poca memoriosa placa del el paseo destinado a evocarlo se escribió: "Pueblo y Municipio de de la Ciudad de San Fernando del Valle de Catamarca a la memoria del ex gobernador de la provincia de Catamarca, Don Arnoldo Aníbal Castillo”, homenajeado por el "Ing. Eduardo Brizuela del Moral, Gobernador de Catamarca”, y el "Dr. Ricardo Gaspar Guzmán, intendente, Catamarca 29 de septiembre de 2009”.
En el bronce no se consignaron sus anteriores pasos como intendente y gobernador de facto en representación de la Junta Militar, encabezadas alternativamente por los generales Jorge Rafael Videla, Roberto Viola, Leopoldo Fortunato Galtieri y Reynado Bignone, desde 1976 a 1983, y con quienes Castillo compartió el poder en Catamarca, a la que definía como "una isla, donde no pasaba nasa”, mientras por los menos 30 catamarqueños fueron desaparecidos.
Para emendar ese error histórico, los jóvenes de las organizaciones sociales y políticas catamarqueñas pintaron los "pañuelos blancos” que recuerdan a todos nuestros comprovincianos perseguidos y eliminados durante la dictadura militar surgida el 24 de marzo de 1976, y a la que en forma diligente y comprometida sirvió Arnoldo Aníbal Castillo, incluso renunciando a su afiliación partidaria a la UCR (Unión Cívica Radical).
Las simbólicas pintadas están en la plaza de B° Parque Chacabuco, a pocos metros de la vivienda que el ex colaboracionista con los gobierno militares, Castillo ocupara hasta su deceso.